Frisch an der High School, will Subaru Hasegawa dem Basketballteam beitreten, doch wird dieses aufgelöst, als der Captain im Verdacht gerät ein Lolicon zu sein. Zufällig endet Subaru schließlich selbst als Trainer eines Teams, allerdings als der eines Mädchen-Basketballteams einer Grundschule.

Taiga Kagami hat es gerade erst auf die Seirin High School geschafft, da läuft er auch schon Tetsuya Kuroko über den Weg. Kuroko war damals der geheime sechste Mann des »Generation der Wunder«-Basketball-Teams. Gemeinsam mit Taiga versucht er nun, sein Team zur landesweiten Schulmeisterschaft für Basketball zu bringen, und sieht sich dabei nicht nur seinen ehemaligen Teamkollegen gegenüber, die ihn kritisch im Auge behalten.